Hiện nay, các tờ khai thông quan hàng hoá tại Dự thảo yêu cầu doanh nghiệp khai mã HS của từng hàng hoá. Mã HS áp dụng cho hàng hoá thương mại điện tử hoàn toàn giống như mã HS cho hàng hoá xuất nhập khẩu thông thường.
Theo VCCI, cách quy định như vậy là chưa phù hợp và chưa tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá thương mại điện tử bởi 2 lý do.
Thứ nhất, số lượng mã HS cần khai trong một chuyến hàng là vô cùng lớn. Đặc điểm của hoạt động vận chuyển hàng hoá thương mại điện tử xuyên biên giới là trong một chuyến hàng có rất nhiều đơn hàng, các hàng hoá trong từng đơn hàng và trong chuyến hàng rất phong phú và khác nhau.
Thứ hai, sự phức tạp trong việc xác định mã HS. Từ kinh nghiệm thực hiện xuất nhập khẩu thông thường, việc xác định mã HS của một số hàng hoá thường gây khó khăn. Các doanh nghiệp xuất nhập khẩu thông thường sẽ có nhu cầu (tương đối lớn) yêu cầu cơ quan hải quan xác định trước mã số.
Nếu áp dụng tương tự, hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá thương mại điện tử sẽ gặp phải tình trạng tương tự như trên, có thể với số lượng cao hơn nhiều do sự đa dạng về hàng hoá. Hơn nữa, việc này thường rất tốn thời gian trong khi người mua không đủ kiên nhẫn chờ hàng, dẫn đến tình trạng huỷ đơn, không nhận hàng, gây thiệt hại cho người bán và sàn thương mại điện tử.
Thực tiễn cho thấy, yếu tố quan trọng nhất trong việc thông quan hàng hoá thương mại điện tử nằm ở việc đơn giản hoá thủ tục hải quan để hàng hoá nhanh chóng đến tay người tiêu dùng và giảm thiểu rủi ro phải khai sửa đổi hoặc bị truy thu thuế cho doanh nghiệp.
Do vậy, VCCI khuyến nghị việc xác định dòng thuế và thuế suất với hàng hoá thương mại điện tử nên được đơn giản hoá.
VCCI cũng đề xuất phương án xây dựng biểu thuế xuất nhập khẩu với hàng hoá thương mại điện tử sẽ gồm một số “giỏ hàng hoá”, được hình thành dựa trên việc gộp các mã HS lại. Ví dụ giỏ hàng hoá 1 gồm quần áo, trang phục, giày dép, bộ đồ giường và hàng dệt may khác; giỏ hàng hoá 2 gồm máy tính, thiết bị điện, điện thoại, tai nghe, micro điện thoại;…Mỗi giỏ hàng hoá sẽ được gán một mức thuế suất nhất định. Theo cách này, doanh nghiệp có thể đơn giản phân loại hàng hoá.